Perhatian: Halaman ini bertujuan mengilustrasikan kemampuan R-shiny dalam
alanisis data online model Tutorial, tetapi Paparan Teori yang ada di halaman ini belum lengkap dan tidak bisa dijadikan
acuan/rujukan, harap maklum !!!
Tujuan Umum
Setelah mempelajari materi ini mahasiswa diharapkan dapat
Tujuan Khusus
Setelah mempelajari materi ini mahasiswa secara khusus
diharapkan dapat:
1. menyebutkan;
2. menyebutkan ;
Materi
1.
2.
Uraian Teori
Pada bagian ini disajikan secara ringkas teori yang mendasari/ terkait topik
sub topik
dst ...
Ilustrasi dengan R
Pada bagian ini disajikan ilustrasi contoh dengan R
Tampilkan Data
seperti berikut ini ?
Grafik visualisasi dengan clValid
Gambar xx. Validasi KLaster.
Gambar x. KLaster Tertentu.
Analisis rinci klaster terpilih adalah
dengan jarak yang sesuai
dengan pertautan yang sesuai
Definisi beberapa jarak yang dipergunakan adalah sebagai berikut ini.
(Oksanen, J., Smith, T., Bedward,M. dalam Paket Vegan, fungsi vegdist() pada R .
euclidean: $$ d[jk] = \sqrt{\sum{(x[ij]-x[ik])}^2},
\text{ binary:} \sqrt{(A+B-2J} $$
manhattan: $$ d[jk] = \sum\left(|x[ij] - x[ik]|\right),
\text{ binary:} A+B-2J $$
gower $$ d[jk] = (1/M) \sum\left(\frac{|x[ij]-x[ik]|}{\max(x[i])-\min(x[i])}\right),
\text{ binary:} (A+B-2J)/M,$$
where $M$ is the number of columns (excluding missing values)
altGower
$$ d[jk] = (1/Nz) \sum(|x[ij] - x[ik]|),
\text{ binary:} (A+B-2J)/(A+B-J)$$
where $Nz$ is the number of non-zero columns excluding double-zeros (Anderson et al. 2006).
Jarak canberra $$ d[jk] = (1/Nz) \sum \frac{x[ij]-x[ik]}{x[ij]+x[ik]},
\text{ binary:}(A+B-2J)/(A+B-J)$$
where NZ is the number of non-zero entries.
Bray-curtis (bray)
$$ d[jk] = \frac{\sum|x[ij]-x[ik])}{\sum (x[ij]+x[ik])}
\text{ binary:} (A+B-2J)/(A+B) $$
kulczynski
$$d[jk]= 1 - 0.5\frac{\sum \min(x[ij],x[ik])}{\sum x[ij]} + \frac{\sum\min(x[ij],x[ik]}{\sum x[ik]}
\text{ binary: } 1-(J/A + J/B)/2 $$
morisita $$ d[jk] = 1 - 2\frac{\sum(x[ij]\times x[ik]}{\lambda [j]+\lambda [k]} \times \sum(x[ij])\times \sum(x[ik])), $$ where
$$ \lambda [j] = \frac{\sum(x[ij]\times (x[ij]-1))}{\sum(x[ij])}\times \sum(x[ij]-1)
\text{ binary: cannot be calculated } $$
horn Like morisita, but $\lambda[j] = \sum(x[ij]^2)/(\sum(x[ij])^2) $
binary:$ (A+B-2*J)/(A+B) $
binomial $$ d[jk] = \sum(x[ij]\log(x[ij]/n[i]) + x[ik]\log(x[ik]/n[i]) - n[i]*log(1/2))/n[i],$$
where $ n[i] = x[ij] + x[ik] $,
binary: $\log(2)(A+B-2J)$
cao $$ d[jk] = (1/S) \sum(\log(n[i]/2) - (x[ij]\log(x[ik]) + x[ik]\log(x[ij]))/n[i]),$$
where $S$ is the number of species in compared sites and $n[i] = x[ij] + x[ik]$
Jaccard index is computed as$ 2B/(1+B),$ where $ B$ is Bray-Curtis dissimilarity.
Tugas
1. Bagaimana
Sumber Bacaan Teori:
[1] Kind, R. & Cole, R. 2005.Chapter 4. Analysis of Species Richness. Tree Diversity Analysis.
Worl Agroforestry Center
Naskah ini dibuat dengan tujuan utama sebagai dokumen contoh (IMT).