TOPIK: Akumlasi Spesies

OLeh: Mhs S2 Biologi ...

Tujuan Umum

Setelah mempelajari materi ini mahasiswa diharapkan dapat

Tujuan Khusus

Setelah mempelajari materi ini mahasiswa secara khusus diharapkan dapat:
    1. menyebutkan;
    2. menyebutkan ;

Materi

    1.
    2.

Uraian Teori

Pada bagian ini disajikan secara ringkas teori yang mendasari/ terkait topik

sub topik

dst ...

Ilustrasi dengan R

Pada bagian ini disajikan ilustrasi contoh dengan R

Ringkasan Data Environment adalah seperti berikut ini 


Tampilkan Ringkasan Data Species
seperti berikut ini ?

   




  






Grafik


  

Gambar x. Grafik Akumulasi. 
   



   
Sementara Grafik Rank Kelimpahannya adalah
Grafik
  

Gambar xx. Grafik Akumulasi Rank.

   



Tampilkan Hasil Analisis Akumulasi seperti berikut ini ?

   

  


Tampilkan Hasil Analisis Akumulasi Rank seperti berikut ini ?

   

  

Matriks

   


   

  

Definisi beberapa jarak yang dipergunakan adalah sebagai berikut ini.
(Oksanen, J., Smith, T., Bedward,M. dalam Paket  Vegan, fungsi  vegdist() pada  R .

    

  1. 
euclidean: $$	d[jk] = \sqrt{\sum{(x[ij]-x[ik])}^2},
	\text{ binary:} \sqrt{(A+B-2J} $$

  2. 
manhattan: $$	d[jk] = \sum\left(|x[ij] - x[ik]|\right),
	\text{ binary:}  A+B-2J $$

  3. 
gower $$	d[jk] = (1/M) \sum\left(\frac{|x[ij]-x[ik]|}{\max(x[i])-\min(x[i])}\right),
	\text{ binary:} (A+B-2J)/M,$$
	where $M$ is the number of columns (excluding missing values)

  4. 
altGower 	
$$ d[jk] = (1/Nz) \sum(|x[ij] - x[ik]|),
\text{ binary:} (A+B-2J)/(A+B-J)$$
	where $Nz$ is the number of non-zero columns excluding double-zeros (Anderson et al. 2006).

  5. 
	
Jarak canberra $$	d[jk] = (1/Nz) \sum \frac{x[ij]-x[ik]}{x[ij]+x[ik]},
\text{ binary:}(A+B-2J)/(A+B-J)$$
	where NZ is the number of non-zero entries.

  6. 
	
Bray-curtis (bray)
$$	d[jk] =  \frac{\sum|x[ij]-x[ik])}{\sum (x[ij]+x[ik])}
	\text{ binary:} (A+B-2J)/(A+B) $$

  7. 
kulczynski 	
$$d[jk]= 1 - 0.5\frac{\sum \min(x[ij],x[ik])}{\sum x[ij]} +  \frac{\sum\min(x[ij],x[ik]}{\sum x[ik]}
	\text{ binary: } 1-(J/A + J/B)/2 $$

  8. 
morisita $$	d[jk] = 1 - 2\frac{\sum(x[ij]\times x[ik]}{\lambda [j]+\lambda [k]} \times \sum(x[ij])\times \sum(x[ik])), $$ where
$$	\lambda [j] = \frac{\sum(x[ij]\times (x[ij]-1))}{\sum(x[ij])}\times \sum(x[ij]-1)
\text{	binary:  cannot be calculated } $$

  9. 
horn 	Like morisita, but $\lambda[j] = \sum(x[ij]^2)/(\sum(x[ij])^2) $
	binary:$ (A+B-2*J)/(A+B) $

  10. 
binomial $$	d[jk] = \sum(x[ij]\log(x[ij]/n[i]) + x[ik]\log(x[ik]/n[i]) - n[i]*log(1/2))/n[i],$$

	where $ n[i] = x[ij] + x[ik] $,
	binary: $\log(2)(A+B-2J)$

  11. 
cao $$	d[jk] = (1/S)  \sum(\log(n[i]/2) - (x[ij]\log(x[ik]) + x[ik]\log(x[ij]))/n[i]),$$
	where $S$ is the number of species in compared sites and $n[i] = x[ij] + x[ik]$


  12. 
Jaccard index is computed as$ 2B/(1+B),$ where $ B$ is  Bray-Curtis  dissimilarity.

    13. 



 Tugas 



    1. Bagaimana  



 Sumber Bacaan  Teori:

   
    [1] Kind, R. &  Cole, R. 2005.Chapter 4. Analysis of Species Richness.  Tree Diversity Analysis.
       Worl Agroforestry Center 



Naskah ini dibuat dengan tujuan utama sebagai dokumen contoh (IMT).