TOPIK: Akumlasi Spesies

OLeh: Mhs S2 Biologi ...

Tujuan Umum

Setelah mempelajari materi ini mahasiswa diharapkan dapat

Tujuan Khusus

Setelah mempelajari materi ini mahasiswa secara khusus diharapkan dapat:
    1. menyebutkan;
    2. menyebutkan ;

Materi

    1.
    2.

Uraian Teori

Pada bagian ini disajikan secara ringkas teori yang mendasari/ terkait topik

sub topik

dst ...

Ilustrasi dengan R

Pada bagian ini disajikan ilustrasi contoh dengan R

Ringkasan Data Environment adalah seperti berikut ini


Tampilkan Ringkasan Data Species
seperti berikut ini ?

   



Grafik
Gambar x. Grafik Akumulasi. Sementara Grafik Rank Kelimpahannya adalah Grafik
Gambar xx. Grafik Akumulasi Rank.
Tampilkan Hasil Analisis Akumulasi seperti berikut ini ?


Tampilkan Hasil Analisis Akumulasi Rank seperti berikut ini ?

   

  

Matriks

   


   

  

Definisi beberapa jarak yang dipergunakan adalah sebagai berikut ini.
(Oksanen, J., Smith, T., Bedward,M. dalam Paket  Vegan, fungsi  vegdist() pada  R .
    euclidean: $$ d[jk] = \sqrt{\sum{(x[ij]-x[ik])}^2}, \text{ binary:} \sqrt{(A+B-2J} $$
    manhattan: $$ d[jk] = \sum\left(|x[ij] - x[ik]|\right), \text{ binary:} A+B-2J $$
    gower $$ d[jk] = (1/M) \sum\left(\frac{|x[ij]-x[ik]|}{\max(x[i])-\min(x[i])}\right), \text{ binary:} (A+B-2J)/M,$$ where $M$ is the number of columns (excluding missing values)
    altGower $$ d[jk] = (1/Nz) \sum(|x[ij] - x[ik]|), \text{ binary:} (A+B-2J)/(A+B-J)$$ where $Nz$ is the number of non-zero columns excluding double-zeros (Anderson et al. 2006).
    Jarak canberra $$ d[jk] = (1/Nz) \sum \frac{x[ij]-x[ik]}{x[ij]+x[ik]}, \text{ binary:}(A+B-2J)/(A+B-J)$$ where NZ is the number of non-zero entries.
    Bray-curtis (bray) $$ d[jk] = \frac{\sum|x[ij]-x[ik])}{\sum (x[ij]+x[ik])} \text{ binary:} (A+B-2J)/(A+B) $$
    kulczynski $$d[jk]= 1 - 0.5\frac{\sum \min(x[ij],x[ik])}{\sum x[ij]} + \frac{\sum\min(x[ij],x[ik]}{\sum x[ik]} \text{ binary: } 1-(J/A + J/B)/2 $$
    morisita $$ d[jk] = 1 - 2\frac{\sum(x[ij]\times x[ik]}{\lambda [j]+\lambda [k]} \times \sum(x[ij])\times \sum(x[ik])), $$ where $$ \lambda [j] = \frac{\sum(x[ij]\times (x[ij]-1))}{\sum(x[ij])}\times \sum(x[ij]-1) \text{ binary: cannot be calculated } $$
    horn Like morisita, but $\lambda[j] = \sum(x[ij]^2)/(\sum(x[ij])^2) $ binary:$ (A+B-2*J)/(A+B) $
    binomial $$ d[jk] = \sum(x[ij]\log(x[ij]/n[i]) + x[ik]\log(x[ik]/n[i]) - n[i]*log(1/2))/n[i],$$ where $ n[i] = x[ij] + x[ik] $, binary: $\log(2)(A+B-2J)$
    cao $$ d[jk] = (1/S) \sum(\log(n[i]/2) - (x[ij]\log(x[ik]) + x[ik]\log(x[ij]))/n[i]),$$ where $S$ is the number of species in compared sites and $n[i] = x[ij] + x[ik]$
    Jaccard index is computed as$ 2B/(1+B),$ where $ B$ is Bray-Curtis dissimilarity.

Tugas

    1. Bagaimana

Sumber Bacaan Teori:

    [1] Kind, R. & Cole, R. 2005.Chapter 4. Analysis of Species Richness. Tree Diversity Analysis. Worl Agroforestry Center
Naskah ini dibuat dengan tujuan utama sebagai dokumen contoh (IMT).